Euh... Tu t'attaques à quelque chose de vraiment complexe, là, puisque, non seulement il faut du flash (et de l'action script), mais aussi du php/MySQL pour la gestion des données.

Autant dire qu'il te faudra des connaissances très pointues pour y arriver et que le chemin sera long.
Ca reste faisable, mais tu as intérêt à être super-motivé et à disposer de pas mal de temps.

Quant à faire réaliser ça par un pro, c'est tout aussi faisable, ça sera moins long (forcément), mais il te faudra un budget confortable (plusieurs milliers d'€, voire plus de 10 000, à vue de nez).

Oui, MySQL est nécessaire pour la gestion des données.

Quant au "squelette de site", qu'entends-tu par là ? Un site vide que tu rempliras avec tes produits ?
Dans ce cas, non, ça ne revient pas moins cher, ça correspond à l'ordre de grandeur donné dans mon premier post. Dans le cas d'une boutique en ligne, le pro livre un site "vide" que le client remplit avec ses produits (le pro peut également se charger de cela, mais ça occasionnera des dépenses supplémentaires).

Par contre, le flash n'est pas essentiel pour ton projet. Avec un peu d'astuces, d'Ajax et de Javascript, on peut très bien gérer la personnalisation des couleurs.
Tu n'auras pas les effets de Flash, bien sûr, mais ça sera moins compliqué (et donc moins cher).