Pour un site de e-commerce, je pense que c'est déconseillé. Vu que la majorité des programmes publicitaires propose des pubs basées sur les habitudes des clients, imagine si la pub est en concurrence direct avec ton site...
Par contre, au lieu de mettre de la pub, il serait plutôt intéressant de négocier avec des forums / blogs bien ciblés un échange de bannières / liens. Voir même une affiliation avec une remise de 5% pour les personnes provenant du forum (avec un code de remise).
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