Personnellement, je me sers d'une base de données.
J'ai dans une table l'ensemble des utilisateurs.

A chaque fois qu'un internaute désire se connecter, il a un espace à sa disposition où il doit saisir son nom (ou, le pseudo) et son mot de passe (comme sur ce site d'ailleurs).

De son côté, mon script va rechercher dans la base de données si cet internaute possède déjà un compte. Si c'est la cas, je créé une variable de session qui me permettra de paramétrer toute l'interface en fonction des caractéristiques de l'utilisateur, si c'est pas le cas, je lui propose d'en créer un avec un formulaire.