Ca ne change rien au référencement, ça indique juste que ta page contient du langage php (et encore pas obligatoirement). Tu peux très bien avoir une page en .php avec que du html dedans, mais dès lors que tu as du php tu dois utiliser .php.

Aprés si cela te gène vraiment, tu peux modifier l'affichage de l'extension via ton fichier .htaccess... Pour les "déguiser".

Bref, aucune différence niveau référencement, compatibilité, visibilité etc... c'est juste esthétique !