C'est impossible.

Déjà pour une raison de compatibilité, ton exe est compilé pour un PC sous Windows. Donc les utilisateurs qui visitent ton site sur Mac, Linux, !Risc... et autres systèmes ne pourrait pas voir ton fichier Flash.

ensuite pour des raisons de sécurité, si tu pouvait lancer l'execution d'un exe  directement depuis ton site tu pourrais facilement lancer un virus, un spyware, une commande (pour lancer le formattage d'un disque par exemple)...

Donc tu dois fournir ton fichier en .swf ou le proposer au téléchargement, il n'y a pas d'autres solutions dans ton cas.