Ca sert à intégrer du flash par exemple, ca sert aussi à signifier au surfeur que la page qu'il visite contient un script que son navigateur ne peut pas lire, enfin maintenant c'est trés rare.

Exemple avec un javascript :

<script language="javascript">
<!-- script ici //-->
</script>
<noscript>texte de remplacement à la place du script pour les anciens navigateurs genre "ce script n'est pas exécutable par votre navigateur"</noscript>